Holistische Mustererkennung
12.12.2008
In diesem 3-Jahre FFG Bridge7 Projekt forschen und entwickeln wir intelligente Bildverarbeitungsalgorithmen zur Analyse von menschlichem Gewebe (Plazenta, Dickdarm und Knochen) mittels computerunterstützter slide-basierter Mikroskopie. Partner in diesem Projekt sind die Medizinische Universität Wien und TissueGnostics GmbH.
18.09.2012
Forschungsprojekt: Holistische Mustererkennung (gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien und TissueGnostics GmbH). Das Poster beschreibt unsere aktuellen Forschungsergebnissen bei der automatischen Erkennung von Erythrozyten und wurde verliehen an unseren Studenten Andreas Heindl.
15.05.2012
Gemeinsam mit TissueGnostics GmbH und der Medizinischen Universität Wien halten wir das Patent AT 510329 (A1) als einer von drei Erfindern (unser Anteil: 47,5%). Das Patent wurde ursprünglich im August 2010 eingereicht.
27.09.2011
Forschungsprojekt: Holistische Mustererkennung (gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien und TissueGnostics GmbH). Das Poster beschreibt unsere aktuellen Forschungsergebnisse bei der Verbindung zwischen Leber-Metastaten und Dickdarmkrebs und wurde verliehen an unsere Studentin Ursula Thiem.
16.06.2011
Forschungsprojekt: Holistische Mustererkennung (gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien und TissueGnostics GmbH). Das Poster beschreibt unsere aktuellen Forschungsergebnisse bei der Früherkennung von Dickdarmkrebs und wurde verliehen an unseren Studenten Radu Rogojanu.
15.03.2011
Forschungsprojekt: Holistische Mustererkennung (gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien und TissueGnostics GmbH). Diese Auszeichnung bewertet die Qualität der Zusammenarbeit und des Managements in Kooperationen zwischen Wissenschaft und Wirtschaft.
17.01.2011
Forschungsprojekt: Holistische Mustererkennung (gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien und TissueGnostics GmbH)
22.10.2012
Auf Einladung von Rudolf Fabien von der ETH Zürich, Department für Biosystems Science und Engineering (D-BSSE) hielten wir ebendort einen Vortrag über unser Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung und verwandte Forschungsprojekte. Dieser Vortrag betonte das medizinisch-biologischen Potential der Arbeit und nicht die technischen Details.
12.04.2012
Im Rahmen des Symposiums Bridges in Pathophysiology hielten wir einen Vortrag über das von uns im Rahmen des Forschungsprojektes Holistische Mustererkennung entwickelten Osteoclasten-Erkennungssystems. Der Anlaß für das Symposium war die Publikation des Buches Principles of Osteoimmunology (SpringerWienNewYork), zu dem wir ein passendes Kapitel beigesteuert haben.
Bei dieser Gelegenheit testen wir unsere Android Tablet basierende...
24.02.2012
Auf Einladung von Dr. Paolo Masci vom Institut für Electronic Engineering und Computer Science (EECS), Queen Mary University, London, hielten wir ein kurzes Seminar über unser Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung und verwandte Projekte. Dies sind die umfangreichsten Folien von der Vortragsserie mit dem gleichen Titel. Durch die lebhafte Diskussion konnten wir allerdings nicht alle Folien herzeigen (d.h. alle technischen Folien mit...
20.01.2012
Auf Einladung von Prof. J. Neyts und Dr. Kurt De Grave vom Rega Institute for Medical Research, Katholieke Universiteit Leuven, Belgien, hielten wir dort einen Vortrag über unser Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung und verwandte Forschungsprojekte. Dieser Vortrag betonte das medizinisch-biologischen Potential der Arbeit und nicht die technischen Details.
20.01.2012
Auf Einladung von Dr. Kurt De Grave vom Institute for Declarative Languages & Artificial Intelligence, Katholieke Universiteit Leuven, Belgien, hielten wir dort einen Vortrag über unser Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung und verwandte Forschungsprojekte. Dieser Vortrag betonte die technischen Details und nicht das medizinisch-biologischen Potential der Arbeit.
12.01.2012
Auf Einladung von Ass.Prof. Dr. Bernhard Pfahringer von dem Insitut für Computer Science, Universität Waikato, Neuseeland - bekannt für ihre Data Mining Suite WEKA - hielten wir ebendort einen Vortrag über unser Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung und verwandte Forschungsprojekte.
07.10.2011
Anläßlich der Veranstaltung ScienceDabei 2011 an der Medizinischen Universität Wien hielten wir unterhaltsame Vorträge über unser Projekte, demonstrierten live die Erstellung, Färbung und Mikroskopaufnahme von Gewebeproben und dokumentierten alles auf Video.
18.03.2011
Auf Einladung von Ao.Univ.-Prof. Dipl.-Ing. Dr. Isabella Ellinger vom Institut für Medizinische Pathologie und Allergieforschung der Medizinischen Universität Wien hielten wir einen Vortrag über unsere C. elegans und H. sapiens Forschungsprojekte in der Bildanalyse. Die zweite Hälfte des Vortrags beschäftigte sich mit Best Practices in den Bereichen Staining-Protokolle, Mikroskopieaufnahmen, Stitching, die Erstellung von Ground-Truth...
02.03.2011
Auf Einladung von Dr. Monika Debreczeny vom Vienna Institute for BioTechnology, Universität für Bodenkultur Wien, hielten wir einen Vortrag über unsere C. elegans und H. sapiens Forschungsprojekte in der Bildanalyse. Die erste Hälfte des Vortrags beschäftigte sich mit Best Practices in den Bereichen Staining-Protokolle, Mikroskopieaufnahmen, Stitching, die Erstellung von Ground-Truth Daten durch biologische Forscher und die Entwicklung...
17.12.2008
Troubleshooting HemoQUEST; gemeinsames dreijähriges angewandtes Forschungsprojekt Holistische Mustererkennung mit dem Institut für Pathophysiologie der Medizinischen Universität Wien.
27.09.2011
Thiem U., Rogojanu R., Mesteri I., Ellinger I., Thalhammer T., Heindl A., Seewald A., Bises G.(2011) Is Intra-tumoral Budding Correlated With Liver Metastasis In Patients With Grade 2 Colorectal Cancer? A Pilot Study. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
01.06.2011
R. Rogojanu, I. Mesteri, I. Ellinger, T. Thalhammer, A. Heindl, A. Seewald, A. Haisan, G. Bises (2011): The relation between epithelial and stromal area is important for colorectal cancer diagnosis and therapeutic considerations. Poster presentation at the 7th PhD Symposium of the Young Scientist Assocation of the Medical University of Vienna, June 2011, Vienna, Austria.
29.10.2012
Heindl A., Thalhammer T., Bises G., Schepelmann M., Uhrova H., Rogojanu R., Seewald A., Ellinger I. (2012): Towards automated detection of erythrocytes in tissue to reduce autofluorescence. Poster presentation at the 2nd Symposium of Drug & Target Screening Unit DTSU/ CCC, 29th October, Vienna.
18.09.2012
A. Heindl, A.K. Seewald, T. Thalhammer, G. Bises, S. Dekan, I. Mesteri, R. Rogojanu, I. Ellinger (2012): Automated REcognition of Tissue-associated Erythrocytes (ARETE) - a new tool in tissue-cytometry. In Program and Abstract Book of the 3rd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
06.09.2012
A. Heindl, A.K. Seewald, T. Thalhammer, G. Bises, S. Dekan, I. Mesteri, R. Rogojanu, I. Ellinger (2012): Automated REcognition of Tissue-associated Erythrocytes (ARETE) - a new tool in tissue-cytometry. Poster presentation at the 54th Symposium of the Society for Histochemistry, Vienna, Austria.
02.08.2012
Andreas Heindl, Alexander K. Seewald, Martin Schepelmann, Radu Rogojanu, Giovanna Bises, Theresia Thalhammer, Isabella Ellinger (2012): A Novel Nucleus-Based Classifier for Discrimination of Osteoclasts and Mesenchymal Precursor Cells in Mouse Bone Marrow Cultures. Journal of the World Academy of Science, Engineering and Technology (WASET); Issue 67, July 2012, pp. 745-750.
14.06.2012
Rogojanu, R., Thiem, U., Mesteri, I., Ellinger, I., Heindl, A., Seewald, AK., Haisan, A., Thalhammer, T., Bises, G. (2012): Automatic analysis of tumor budding in colorectal cancer specimens. Poster presentation at the 8th PhD Symposium of the Young Scientist Assocation of the Medical University of Vienna, June 2012, Vienna, Austria.
13.06.2012
Heindl, A., Dekan, S., Rogojanu, R., Ecker, R., Bises, G., Thalhammer, T., Uhrova, H., Seewald, AK., Ellinger, I. (2012): Expression Level of the Receptor for Advanced Glycated End Products (RAGE) in the Syncytiotrophoblast correlates with the Severity of Per-Eclampsia as demonstrated by a novel Method for automated in-situ Quantifications of Proteins. Poster presentation at the 8th PhD Symposium of the Young Scientist Assocation of the...
01.11.2011
G. Bises, I. Mesteri, U. Thiem, I. Ellinger, T. Thalhammer, A. Heindl, A. Seewald, R. Rogojanu (2011): Automated quantitative analysis of epithelial and stromal area in colorectal cancer: putative application for the prognosis of cancer progression. Proceedings of the 7th NCRI Cancer conference to be held in Liverpool, UK, 6-9 November 2011.
01.10.2011
Heindl A, Schepelmann M, Ecker R, Pietschmann P, Ellinger I, Seewald A, Thalhammer T (2011): Towards the automated detection and characterization of osteoclasts in microscopic images. Book chapter in Principles of Osteoimmunology: Molecular Mechanisms and Clinical Applications, Ed. P.Pietschmann, Wien. Springer-Verlag 2011.
27.09.2011
Schepelmann M., Heindl A., Uhrova H., Pohl V., Rogojanu R., Seewald A., Helmer H., Ellinger I. (2011) The neonatal IgG Fc-receptor (FcRn) is expressed in the syncytiotrophoblast, fetal endothelial cells and Hofbauer cells of human term placental chorionic villi. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
27.09.2011
Heindl A., Thalhammer T., Bises G., Schepelmann M., Rogojanu R., Ecker R., Seewald A., Ellinger I. (2011) A versatile Automated Detection System for Erythrocytes in Human Tissue Sections. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
27.09.2011
Heindl A., Schepelmann M., Seewald A., Nussbaumer A., Bises G., Rogojanu R., Ecker R., Pietschmann P., Thalhammer T., Ellinger I. (2011) Automated Nuclei-based In Silico Discrimination of Murine Osteoclasts and their Precursor Cells. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
27.09.2011
Schepelmann M., Heindl A., Seewald A., Nussbaumer A., Bises G., Rogojanu R., Ecker R., Pietschmann P., Ellinger I., Thalhammer T. (2011) Automated Detection And Quantification Of Osteoclasts In Culture By A Novel Image Analysis System - A Pilot Study On The Influence Of The Hormone Melatonin On Osteoclast Formation. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical...
27.09.2011
Rogojanu R., Thiem U., Mesteri I., Ellinger I., Thalhammer T., Heindl A., Seewald A., Bises G. (2011) Epithelium/Stroma Ratio In Colorectal Cancer: Automated Area Detection and Quantitative Analysis. In Program and Abstract Book of the 2nd Retreat of the Center for Pathophysiology, Infectiology, and Immunology of the Medical University Vienna, Austria.
01.09.2011
M. Schepelmann, A. Heindl, H. Uhrova, V. Pohl, R. Rogojanu, A. Seewald, H. Helmer, I. Ellinger (2011): The neonatal IgG Fc-receptor (FcRn) is expressed in the syncytiotrophoblast, fetal endothelial cells and Hofbauer cells of human term placental chorionic villi. Placenta 32 (9): A54, 14th IFPA meeting, Geilo, Norway, 14-17 September 2011.
01.05.2011
A. Heindl, M. Schepelmann, R. Stumberger, A. Nussbaumer, P. Pietschmann, G. Bises, R. Rogojanu, T. Thalhammer, A. Seewald, I. Ellinger (2001): Automated detection, quantification and characterization of osteoclasts in cultures using a combined image-processing and machine learning strategy. Bone, 48, S124-137, PP112-S. 3rd joint ECTS-IBMS Meeting in Athens, 7-11 May 2011.
01.05.2011
M. Schepelmann, A. Heindl, A. Seewald, A. Nussbaumer, K. Burger, G. Bises, R. Rogojanu, P. Pietschmann, I. Ellinger, T. Thalhammer (2011): Influences of melatonin on murine osteoclast formation in culture - automated detection and quantification by a novel image analysis system. Bone, 48, S124-137, PP082-S. 3rd joint ECTS-IBMS Meeting in Athens, 7-11 May 2011.
26.11.2010
Schepelmann M, Heindl A, Seewald A, Burger K, Rogojanu R, Ecker R, Bises G, Pietschmann P, Ellinger I, Thalhammer T: Influences on murine osteoclast formation and their automated detection by a novel image analysis software. Journal für Mineralstoffwechsel (17) 2010, Sonderheft 2, p.11.
26.11.2010
Heindl A, Schepelmann M, Seewald A, Burger K, Rogojanu R, Ecker R, Bises G, Pietschmann P, Ellinger I, Thalhammer T: Towards an automated evaluation system of osteoclasts in cultures using a combine Image-processing and machine-learning strategy. Poster at the annual autumn meeting of the Austrian Society for Bone and Mineral Research, Vienna, Austria. ISSN: 1023-7763, 2010.
26.11.2010
Heindl A, Schepelmann M, Seewald A, Burger K, Rogojanu R, Ecker R, Bises G, Pietschmann P, Ellinger I, Thalhammer T: Towards an Automated Detection of Osteoclasts in Cultures Using a Combined Image-processing and Machine-learning Strategy. Journal für Mineralstoffwechsel (17) 2010, Sonderheft 2, p.7.
26.11.2010
Schepelmann M, Heindl A, Seewald A, Burger K, Rogojanu R, Ecker R, Bises G, Pietschmann P, Ellinger I, Thalhammer T: A novel method for automated quantification of osteoclasts in culture - Advantages, workflow and application. Poster at the annual autumn meeting of the Austrian Society for Bone and Mineral Research, Vienna, Austria. ISSN: 1023-7763, 2010.
31.08.2010
Heindl A, Dekan S, Ellinger I, Seewald A: Towards a Versatile Automated Cell-Detection System for Science and Diagnostics. Proceedings of the 32nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Buenos Aires, Argentina, p. 3045-3048, IEEE Catalog Number: CFP10EMB-DVD, ISBN: 978-1-4244-4124-2, ISSN: 1557-170X, 2010.
01.08.2010
Heindl A, Helmer H, Dekan S, Rogojanu R, Ecker R, Thalhammer T, Bises G, Uhrova H, Seewald A, Ellinger I (2010): Automated detection and analysis of fluorescent biomarkers in human placental chorionic tissue. Pediatric Research, August 2010, 68 (2), p. 176.
26.06.2010
Rogojanu R., Mesteri I, Ellinger I, Thalhammer T, Kallay E, Heindl A, Seewald A, Bises G: Characterization and quantification of macrophages in colorectal cancer by an automated cell system. Poster at the 21st Meeting of the EACR, Oslo, Norway, June 2010.
01.06.2010
Rogojanu R., Mesteri I., Ellinger I., Thalhammer T., Kallay E., Heindl A., Seewald A., Bises G.: Automated evaluation of Tumor-Associated Macrophage (TAM) local density in Colorectal Cancer by an Automated Cell Detection System. Poster presentation at the 6th PhD Symposium of the Young Scientist Assocation of the Medical University of Vienna, June 2010, Vienna, Austria. Also available as EJC Supplements, June 2010, Vol.8, Issue 5, Page 107.
01.06.2010
Heindl A., Pohl V., Rogojanu R., Ecker R., Thalhammer T., Bises G., Seewald A., Ellinger I.: Towards a Versatile Automated Cell-Detection System for Science and Diagnostics exemplified through receptor for advanced glycated end-products (RAGE) quantification in placental chorionic villi. Poster presentation at the 6th PhD Symposium of the Young Scientist Association of the Medical University of Vienna, June 2010, Vienna, Austria.
01.09.2009
Heindl A., Ecker R., Steiner G., Bises G., Thalhammer T., Rogojanu R., Uhrova H., Helmer H., Ellinger E., Seewald A.: Automated cell-detection technologies for science and diagnostics. Placenta 30 (9) 2009: P06.14.
Praktikum: Genaues 3D alignment von C. elegans z-stacks
Es liegen C. elegans z-Stacks von ca. 70 hermaphroditen Individuen
in einzelnen Abschnitten vor (3-5 überlappende Abschnitte pro Wurm,
jeweils 5-10 z-Levels). Da die Würmer bei der Aufnahme nur betäubt
werden gibt es minimale Bewegungen sowohl zwischen den einzelnen
Abschnitten als auch zwischen den z-Levels. Ein erster Prototyp zum
manuellen Alignment der z-Stacks über elastische...